راه رجائی بسته نیست گرچه رجائی برفت ، ریشه به جا باد اگر برگ و بری می رود
در سال 1330 نیروی هوایی جوانانی را که مدرک ششم ابتدایی داشتند با درجه ی گروهبانی استخدام می کرد. رجایی داوطلب خدمت در این نیرو شد. سه ماه از دوره ی آموزشی گروهبانی را گذرانده بود که گروه فدائیان اسلام را شناخت و در جلسات این گروه شرکت کرد و همکاریش با اعضای این گروه مبارز آغاز شد. شعار فدائیان اسلام این بود که «همه کار و همه چیز برای خدا» و «اسلام برتر از همه چیز است و هیچ برتر از اسلام نیست». رجایی به فدائیان اسلام پیوست. در کلاس های شبانه ای که وابسته به «مرکز تعلیمات جامعه ی اسلامی» بود نیز شرکت می کرد.
رجایی پس از طی دوره ی آموزشی و دریافت درجه ی گروهبانی در کنار کار به تحصیل ادامه داد و در سال 1332 دیپلم گرفت. رجایی چون در شهریور ماه دیپلم گرفته بود و نمی توانست در آزمون ورودی دانشگاه شرکت کند، راهی بیجار شد و در دبیرستانی مشغول تدریس زبان انگلیسی شد. با تمام شدن سال تحصیلی، به تهران بازگشت و در دانشسرای عالی تربیت بدنی معلم به تحصیل پرداخت. بعد به دانشسرای عالی رفت. پس از 2 سال لیسانس ریاضی گرفت و به استخدام آموزش و پرورش درآمد. ابتدا به ملایر رفت اما با رئیس آموزش و پرورش اختلاف پیدا کرد و بعد به خوانسار رفت و مشغول تدریس شد و یک سال را با موفقیت گذراند. سال تحصیلی به پایان رسید و رجایی به تهران برگشت و در دوره ی فوق لیسانس در رشته ی آمار مشغول به تحصیل شد و اوقات بیکاری در مدرسه ی کمال تدریس می کرد.
در سال 1341 با دختر یکی از بستگانش ازدواج کرد
او در کنار تحصیل و تدریس، فعالیتهای سیاسی خود را نیز با شرکت در جلسات تفسیر قرآن و سخنرانیهای آیت الله طالقانی در مسجد هدایت، همکاری با اعضای نهضت آزادی ایران، روحانیون مبارز، بنیانگذاران سازمان مجاهدین خلق ایران و بقایای هیئتهای مؤتلفه اسلامی دنبال می کرد.
در سال 1341 با دختر یکی از بستگانش ازدواج کرد و تنها هفت ماه بعد از ازدواج در اردیبهشت 1342 به دلیل عضویت در نهضت آزادی دستگیر شد و به زندان افتاد که پس از خروج از عضویت در نهضت آزادی از زندان آزاد گردید.
در جو اختناق و خفقان بین سالهای 1342 تا 1346 که فعالیتهای سیاسی رو به رکود نهاده یا زیرزمینی شدند، فعالیتهای رجائی نیز به طور چشمگیری کاهش یافت و فقط به جلسات ماهانه دبیران و شرکت در بعضی جلسات مذهبی و سخنرانی محدود گردید. از سال 1346 تا آذر 1353 که مجدداً دستگیر و تا آستانه انقلاب اسلامی زندانی گردید، فعالیتهای سیاسی خود را وسعت روزافزونی بخشید و علیرغم شکنجه و بازجوییهای طاقت فرسا ذره ای تردید و تزلزل به دل راه نداد و در زندان به پیاده کردن مشی و ایده خود مشغول شد و پس از تغییر مواضع ایدئولوژیک، برای همیشه از بخشی از اعضای سازمان مجاهدین خلق که مارکسیست شدند جدا شد و ضمن پرهیز از گرایش و تمایل به جریان مارکسیست، سعی در جلوگیری از انحراف و استحاله مجاهدین با بهره گیری از آموزه های مکتب اسلام و مباحث فلسفی اسلامی داشت.
رجایی در زندان به تبیین مفاهیم والایی چون صبر، دعا، تقوا و توبه در قرآن می پرداخت و آ نها را در اختیار دیگران قرار می داد. سرانجام در آبان 1357 از زندان آزاد شد.
رجایی بلافاصله پس از آزادی با تأسیس انجمن اسلامی معلمان مبارز، به مبارزه علیه رژیم پرداخت. با فرار شاه از ایران، به عضویت «کمیته استقبال» درآمد و در کنار دیگر مبارزان مهیای ورود امام شد. پس از گذشت چند ماهی از پیروزی انقلاب، رجایی ابتدا به کفالت وزارت و سپس به سمت وزیر آموزش و پرورش منصوب شد.
در فروردین ماه 1359 با یک میلیون و دویست و نه هزار و دوازده رأی به عنوان نماینده مردم تهران به مجلس شورای اسلامی راه یافت.
با انتخاب بنی صدر به عنوان رییس جمهور و با اصرار برخی از سران انقلاب رجایی در مرداد 1359 از طرف بنی صدر به عنوان نخست وزیر به مجلس معرفی شد و با 153 رأی موافق، 24 رأی مخالف و 19 رأی ممتنع به نخست وزیری رسید.
پس از عزل بنی صدر، عضو شورای ریاست جمهوری شد تا مقدمات انتخابات فراهم شود. در دوره دوم انتخابات ریاست جمهوری از میان هفت نامزد اولیه چهار نفر مورد گزینش اولیه قرار گرفتند و رجایی با حمایت جامعه روحانیت مبارز و حزب جمهوری اسلامی با کسب اکثریت آراء به عنوان دومین رییس جمهور جمهوری اسلامی ایران انتخاب شد.
در 11/5/1360 حضرت امام حکم ریاست جمهوری وی را تنفیذ نمود. در تاریخ 11/5/1360 در مجلس مراسم تحلیف را بجا آورد و دکتر محمد جواد باهنر را به سمت نخست وزیر منصوب و به مجلس شورای اسلامی معرفی کرد. پس از اخذ رأی اعتماد مجلس شورای اسلامی به کابینه دکتر باهنر، دولت جدید کار خود را آغاز کرد.
کمتر از یک ماه از شروع کار دولت جدید، در هشتم شهریور ماه 1360، با انفجاری که توسط سازمان مجاهدین خلق در اتاق جلسات ساختمان نخست وزیری تدارک دیده شده بود، محمد علی رجایی و محمد جواد باهنر و عده ای از همراهان به شهادت رسیدند.
