بهشتی ۷ تیر سال ۱۳۶۰ شمسی، در دفتر حزب جمهوری اسلامی همراه با عده‌ای از همفکرانش بر اثر انفجار بمب به شهادت رسید. مسئولیت این بمب گذاری را سازمان تروریستی موسوم به مجاهدین خلق بر عهده گرفت. در اعلامیه امام خمینی به مناسبت شهادت بهشتی و یاران او آمده است: «بهشتی... مظلوم زیست و مظلوم مرد و خار چشم دشمنان اسلام بود».